自然纯化即利用某一种类细胞的增殖优势，排挤其他细胞生长，靠自然的增殖潜力后留下生长优势细胞，去除其他细胞，达到细胞纯化的目的。但这种方法常无法人为的选择细胞，时间长，多数情况下，剩下的都是成纤维细胞，因此，仅有些恶性肿瘤细胞可以通过此方法，自然纯化而建立细胞系。

利用人为手段造成对某一细胞生长有利的环境条件，抑制其他细胞的生长，从而达到纯化细胞的目的。

①概述：由于上皮细胞和成纤维细胞对胰蛋白酶的耐受性不同，成纤维细胞对胰蛋白酶比较敏感，而上皮细胞对胰蛋白酶的耐受性较高，因此，在消化培养细胞时，成纤维细胞先脱壁，而上皮细胞要消化相当长的时间才脱壁，特别是原代培养和培养早期,这种差异尤为明显，因而可以利用这种差异采用多次差别消化方法，将上皮细胞和成纤维细胞分开达到纯化细胞的目的。

②方法：采用普通消化传代方法，将0.25%胰蛋白酶注入培养瓶内两次，每次加1 mL(25 mL培养瓶)，稍加摇动让胰蛋白酶流过所有细胞表面，然后倒掉。盖好瓶盖，将培养瓶放在倒置显微镜下观察，发现纤维样细胞变圆，部分脱壁，立即加入2mL有血清培养液，终止消化。用弯头吸管轻轻吹打纤维样细胞生长的区域(可事先在显微镜下用记号笔在培养瓶上画出记号)。吹打过程中不要用力，也不要吹上皮细胞生长区域。吹打结束后，再用少量培养液漂洗一遍，然后加入适量培养液继续培养，也可重复上述操作再进行一次，或隔几日后或下次传代时，再进行上述操作。经过几次处理可以将成纤维细胞去除或将两者分开。

(1)概述：原代培养成功后，上皮细胞和成纤维细胞多数都同时出现，混杂生长。这种混杂生长常常分区呈片，每种细胞都以小片或区域性分布的方式生长在瓶壁上。因此可以采用机械的方法去除不需要的细胞的区域，而保留需要的。

(2)方法：将要纯化细胞的培养瓶，放在倒置显微镜监视下进行。用弯头滴管在不需要生长的细胞区域推划，使细胞脱壁悬浮在培养液中，注意不要伤及所需细胞;推划后用培养液冲洗两次，即可加培养液继续培养;数日后如发现不需要的细胞又长出，可再进行上述操作，这样反复多次可以纯化细胞。操作过程要严格无菌操作，防止污染。

(1)概述：成纤维细胞与上皮细胞相比，其贴壁过程快，大部分细胞常能在10~30 min完成附着过程(但不一定伸展);而上皮细胞大部分在短时间内不能附着或附着不稳定，稍加振荡即浮起。利用不同细胞贴壁速度不同的特点，经过反复贴壁，可以将早期传代培养中的成纤维细胞和上皮细胞分开。

(2)方法：将细胞悬液接种到一个培养瓶内(用无血清培养，因为在无血清支持下，上皮细胞贴壁更慢)静置20 min;在显微镜下观察，见细胞部分贴壁，稍加摇荡也不浮起时，将培养液连同尚未贴壁细胞一起倒出或吸到另一培养瓶;继续培养或重复上述操作，将上皮细胞和成纤维细胞逐步分隔开。

在同一细胞系中，存在不同的细胞株，它们的功能和生长特点仅略有不同，要纯化出某一种细胞，用上述方法常不能将同一细胞系的不同株分开，可采用细胞克隆的方法。

具体过程是采用细胞克隆法将细胞分成单个细胞，使之分别生长成克隆，然后对每一克隆进行测试，选择出所需要的克隆。

某些细胞在生长过程中必须存在或去除某种物质，否则将无法生长，而其他细胞与之相反。可以利用这种技术来纯化细胞。如杂交瘤技术中常用的HAT培养液，就用来筛选杂交瘤细胞而抑制其他细胞。

流式细胞仪可根据细胞核酸含量、某些物质含量或细胞结构大小等参数来将细胞分离成不同的群体。